Asistió al Lauban Lyceum en 1733, y fue cantante y organista ayudante en Santa María Magdalena, Breslau, Polonia, desde aproximadamente 1740 hasta principios de 1744. Luego deseó volver a Alemania y consagrarse a ‘más altos estudios' en Leipzig, y como sus padres eran pobres, solicitó un viaticum. Se le concedieron cuatro thalers el 23 de enero de 1744, y el 19 de marzo se matriculó en la Universidad de Leipzig como estudiante de teología. Pronto empezó a ayudar a Johann Sebastian Bach, principalmente como bajo, e hizo esto regularmente desde la sanmiguelada de 1745. El 16 de abril de 1746 Wilhelm Friedemann Bach recomendó a Altnickol como su sucesor en Dresde, diciendo que había estudiado teclado y composición con su padre; pero  fue desestimado. El 26 de abril de 1747 Altnickol solicitó al Concejo de Leipzig una concesión, diciendo que había estado cantando bajo durante tres años (desde abril de 1744). El Burgomaestre Stieglitz aprovechó la oportunidad para decir que el Kantor no tenía antecedentes para solicitar tales nombramientos; pero el concejo estuvo de acuerdo en pagarle 12 thalers (19 de mayo), demostrando que Altnickol había hecho el trabajo realmente. Bach certificó el 25 de mayo de 1747 que Altnickol había trabajado continuamente desde la sanmiguelada de 1745.

El 8 de noviembre de 1747 se produjo una vacante para organista y maestro de escuela en Niederwiesa (cerca de Greiffenberg, Silesia); el 3 de diciembre el hijo de algún notable local escribió una carta invitando a Altnickol a postular. El 1  de enero de 1748 Bach testificó que Altnickol era un alumno de quien no podía estar avergonzado; el 18  de enero Altnickol fue nombrado, y él dio satisfacción. Se dice que fue un excelente organista.

Un puesto en St Wenzel, Naumburg, quedó vacante en el verano, y el 24 de julio de 1748 Bach recomendó a Altnickol al concejo, que unánimemente lo nombró el 30 de julio, antes de haber recibido incluso su solicitud. Altnickol se instaló a mediados de septiembre, y se casó con Elisabeth Juliana Friderica (llamada familiarmente Liesgen), hija de Bach, el 20 de enero de 1749. Invitó al Concejo de Naumburg a la boda, recibiendo así un regalo de seis thalers. Se mudó a la casa de su suegro con quien convivió en sus últimos meses, hasta su fallecimiento en julio de 1750.

Un hijo, Johann Sebastian, nació el 4 de octubre, pero murió y fue enterrado el 21 de octubre. El 24 de noviembre murió el padre de Altnickol, y unos meses más tarde Bach cayó seriamente enfermo. Según Forkel, fue a Altnickol que Bach dictó su último preludio coral (aunque el fragmento manuscrito familiar no es de la mano de Altnickol). Después de la muerte de Bach, Altnickol ejerció la función de fideicomisario, con la responsabilidad de distribuir sus bienes. Llevó con él a Naumburg a Gottfried Heinrich, el hijo mentalmente impedido de Bach, donde también enseñó a J. G. Müthel, el alumno de Bach, hasta 1751. A fines de 1753 él y W. F. Bach, compitieron sin éxito para un nombramiento en la Johanniskirche, Zittau; y en 1757 enseñó al trompetista J. Ernst Altenburg. En Naumburg Altnickol dirigió las presentaciones de un pasticcio cantata de la Pasión con música de C. H. Graun, Bach y Telemann y de una versión presumiblemente temprana de la Pasión según San Mateo de Bach.

Fue padre de tres hijos: Johan Sebastian (1749-1750), Auguste Magdalena (1751-1809) y Juliane Wihelmine (1754-¿?), quienes perpetuaron la descendencia Bach hasta bien entrado el siglo XIX. La viuda de Altnickol se debe de haber quedado en Naumburg durante un tiempo, pues su hermano Gottfried murió allí en 1763. Después ella se trasladó a Leipzig, donde sus dos hijas se casaron, y ella murió el 24 de agosto de 1781; ella había recibido una pensión de su medio-hermano Emanuel.

Los catálogos Breitkopf de 1761 y 1764 registran un "Magnificat" y dos cantatas de Altnickol, pero ni éstos ni la mayoría de sus otros trabajos sobrevive. Bach habló bien de ellos, quizás por razones personales; de hecho han llamado poco la atención. Altnickol es recordado actualmente porque era el yerno de Bach, y un copista fidedigno.